软件工程系下设一个专业——软件工程专业，于2009年获得国家批准成立，同年开始招生，目前面向全国招收全日制本科生（一表），按照“工程化、国际化、创新性、实践性”的办学理念，培养高级软件工程应用型人才。2010年，成功申请了软件工程专业硕士学位点，2011年获批软件工程硕士一级学科。注重培养学生扎实的软件工程基础理论与知识和基本技能、较高的外语交流能力和工程实践能力等综合素质。毕业生面向全国各大软件公司、各大中企业IT技术岗、石油石化公司，并可继续研究生阶段的深造和学习。

软件工程专业采用 “3+1”办学模式，即3年在校内学习，最后一年进入到企业实训。实行校内学业导师和校外职业导师双导师制。目前在校外建立了6个专业实训基地：大连东软软件股份有限公司、北京中软国际、苏州高博应诺公司、北京蓝桥软件学院、北京育知同创科技有限公司、北京千锋互联科技有限公司。这些基地的建立保证了学生具有良好的校外企业实训环境。

软件工程专业具有完善的实验教学条件，多媒体实验室、网络实验室、移动互联实验室、硬件实验室等都具有新型设备，实验室对学生全天开放，鼓励学生进入科研室跟教师一起进行项目研究。在教学中采用“做中学、练中学”方式，大部分专业课采用“讲练一体化”授课方式，在实验室环境进行，教学内容紧跟最新技术发展，力争培养的学生与企业需求零距离，更好地满足社会需求。

近年来，软件工程专业学生获得国家级大学生创新性实验计划项目11项、挑战杯、创新杯项目20多项、获得国家级大赛二等奖、三等奖10余项、省级一等奖50余项。保研、考研60多人，保送及考取的学校有浙江大学、中国科技大学、哈尔滨工业大学、东北大学、大连理工大学、吉林大学、北京邮电大学、北京理工大学、华中科技大学等等高校。